今作っているWebアプリケーションでサーバのログファイルをダウンロードしたいという要件があり、そこでganymedを使ってみることにしました。アプリケーションをデプロイしているサーバとは別に複数存在するサーバ上にあるログファイルを画面から選択してクリックでダウンロードという流れです。
　なお、サーバとログファイルが格納されているディレクトリ情報は別途ＤＢ等から取る形にして、下記はSFTPでファイルを取得する箇所の抜粋です。

POM.xml ganymed指定

    <dependency>
	  <groupId>ch.ethz.ganymed</groupId>
	  <artifactId>ganymed-ssh2</artifactId>
	  <version>262</version>
     </dependency>

画面に表示するログファイル情報

public class LogFile {
	
	/** ファイル名 */
	private String fileName;
	
	/** 更新日時 */
	private String upDateTime;
	
	/** ディレクトリ */
	private String directory;
	
	/** サイズ */
	private long fileSize;
	
	/** ホスト名 */
	private String hostName;

以下、ゲッタとセッタは割愛

SFTP処理
※サーバは一般的なID・パスワード認証です。

import ch.ethz.ssh2.Connection;
import ch.ethz.ssh2.SFTPv3Client;
import ch.ethz.ssh2.SFTPv3DirectoryEntry;
import ch.ethz.ssh2.SFTPv3FileHandle;

/**
 * SFTPファイルアクセスクラス by Ganymed SSH-2
 * */
@Stateless
public class SFTPFileAccess {
	private final int PORT = 22;
	private SFTPv3Client sftp = null;
	private Connection conn = null;
	
	/**
	 * リモートホストへログインします
	 * @param HostName リモートホスト名
	 * @param User ログインユーザー名
	 * @param Password ログインパスワード
	 * @throws IOException 
	 * 
	 * */
	public boolean loginHost(String HostName, String User, String Password) throws IOException{
		conn = new Connection(HostName, PORT);

		conn.connect();
        if (!conn.authenticateWithPassword(User, Password)) {
        	//エラー
        	return false;
        }
        return true;
	}
	
	/**
	 * リモートホスト接続をクローズします
	 * @throws IOException 
	 * 
	 * */
	public void logOutHost() throws IOException{
		if(conn != null){
			conn.close();
		}
        return;
	}

	/**
	 * リモートホスト上の指定ディレクトリのファイル一覧を取得する
	 * @param String RemoteDir ディレクトリ名
	 * @param List<LogFile> セットするファイル一覧
	 * @throws IOException
	 * */
	public void getSFTPList(String RemoteDir, List<LogFile> FileList) throws IOException {
		if(conn == null){
			return;
		}
        sftp = new SFTPv3Client(conn);
        
		List<SFTPv3DirectoryEntry> DirList = sftp.ls(RemoteDir);
		if ( FileList == null ){
			FileList = new ArrayList<LogFile>();
		}
        for (SFTPv3DirectoryEntry Entry : DirList ){
        	//ディレクトリ以外
        	if (!Entry.longEntry.startsWith("d") ){
	        	LogFile file = new LogFile();
	        	file.setDirectory(RemoteDir);
	        	file.setFileName(Entry.filename);
	        	file.setHostName(conn.getHostname());
	        	file.setFileSize(Entry.attributes.size);
                //ファイル更新時間
	        	Date tm = new Date(Entry.attributes.mtime * 1000L);
	        	file.setUpDateTime(DateUtils.format(tm, DateUtils.FORMAT_YYYY_MM_DD_HH_MM_SS));
	        	FileList.add(file);
	    		
        	}
        }
        return;
	}

    /**
     * SFTPファイル受信
     * @param remoteFile　受信元ファイル
     * @param stream　出力ストリーム
     * 
     * */
    public void getFile( String remoteFile, OutputStream stream) throws IOException{
		if(conn == null){
			return;
		}
    	if(sftp == null){
            sftp = new SFTPv3Client(conn);
    	}
        long remoteFileSize = sftp.stat(remoteFile).size;
        // open remote file with read only
        SFTPv3FileHandle sftpFileHandle = sftp.openFileRO(remoteFile);
        
        BufferedOutputStream bos = new BufferedOutputStream(stream);
        		
        byte[] buffer = new byte[1024];
        long offset = 0;
        int readLength = 0;
        while( (readLength = sftp.read(sftpFileHandle, offset, buffer, 0, buffer.length)) != -1){
          bos.write(buffer, 0, readLength);
          offset += readLength;
        }
        // flush & Close
        bos.flush();
        bos.close();
        sftp.closeFile(sftpFileHandle);
        
        // compare
        if (offset == remoteFileSize) {
        } else {
        	System.out.println("failed: file size is different from remote. remote:" + 
              remoteFileSize+", local:"+offset);
        }
        return;
    }
}

画面処理
※HttpServletResponseのOutputStreamに直ファイルを突っ込むので、一時ファイルを置いたりしません。

/**
 * ログダウンロード画面
 * */
@ManagedBean(name="LogDownload")
@SessionScoped
public class LogDownload implements Serializable {
	private static final long serialVersionUID = 1L;

	protected static Logger logger = LogManager.getLogger();
	
    @EJB
    private SFTPFileAccess ftp;
    
    private String selectedServer;

    private List<LogFile> fileList;
    
	public LogDownload() {
		fileList = new ArrayList<LogFile>();
	}

	public List<LogFile> getFileList() {
		return fileList;
	}

	public void setFileList(List<LogFile> fileList) {
		this.fileList = fileList;
	}

	public String getSelectedServer() {
		return this.selectedServer;
	}

	public void setSelectedServer(String selectedServer) {
		this.selectedServer = selectedServer;
	}

	/**
	 * ディレクトリ選択時にファイル一覧を取得
	 * */
	public void getList(){
		try {
			Map<String,String> params = FacesContext.getCurrentInstance().getExternalContext().getRequestParameterMap();
			String fileDir = params.get("fileDir");

			ftp.loginHost(selectedServer, dao.getServerLoginUser(selectedServer), dao.getServerLoginPasswd(selectedServer));
			
			fileList.clear();
			ftp.getSFTPList(fileDir,fileList);
			
		} catch (IOException e) {
			e.printStackTrace();
		}
	}
	/**
	 * ファイルダウンロード
	 * */
	public void getFile(){
		Map<String,String> params = FacesContext.getCurrentInstance().getExternalContext().getRequestParameterMap();
		String fileName = params.get("fileName");
		String fileDir = params.get("fileDir");
	  
		try {
			HttpServletResponse response = (HttpServletResponse) FacesContext.getCurrentInstance() .getExternalContext().getResponse();
			response.setContentType("application/octet-stream");
			response.setHeader("Content-Disposition", "attachment;filename=" + fileName);

			OutputStream a = response.getOutputStream();
			ftp.getFile(fileDir +"/" + fileName , a);
			FacesContext.getCurrentInstance().responseComplete();
		} catch (IOException e) {
			e.printStackTrace();
		}
	}
}

xhtml
※ディレクトリリストの箇所は、上記ソース上割愛しています。
ディレクトリリストの左に置いたボタンクリックで、ファイル一覧を取得し、ファイル一覧のファイル名クリックでダウンロードします。

    <h:form id="listForm">
      <h:dataTable var="dirlist" value="#{LogDownload.directoryList}" rowIndexVar="rowIndex" class="table">
        <h:column>
          <f:facet name="header" >#{words.Label_LogList}</f:facet>
          <h:commandLink value="#{dirlist.INFO_VALUE}" actionListener="#{LogDownload.downLoad}">
            <f:attribute name="directory" value="#{dirlist.INFO_VALUE}"/>
          </h:commandLink>
        </h:column>
        <h:column>
          <h:commandButton id="listget" action="#{LogDownload.getList}" value="#{words.Label_FileListGet}">
            <f:param name="fileDir" value="#{dirlist.INFO_VALUE}" />
            <f:ajax render=":listForm:loglist"/>
          </h:commandButton>
        </h:column>
      </h:dataTable>
    
      <h:dataTable id="loglist" var="list" value="#{LogDownload.fileList}" styleClass="listTable">
        <h:column><f:facet name="header" >ファイル名</f:facet>
        <h:commandLink id="filelistName" value="#{list.fileName}" action="#{LogDownload.getFile}">
        <f:param name="fileName" value="#{list.fileName}" />
        <f:param name="fileDir" value="#{list.directory}" />
        </h:commandLink>
      </h:column>
      <h:column><f:facet name="header">ファイルサイズ</f:facet>
        <h:outputText value="#{list.fileSize}">
          <f:convertNumber groupingUsed="true" />
        </h:outputText>
      </h:column>
      <h:column><f:facet name="header" >ファイル更新日時</f:facet>
        <h:outputText value="#{list.upDateTime}"/>
      </h:column>
    </h:dataTable>    
  </h:form>

エラーハンドリングやサーバの切断、ファイルサイズの数値右寄せ等、細かい箇所がまだ出来ていませんが、とりあえず動きそうです。
最初、ログファイル情報のプロパティ名が先頭大文字とかだと、JSFでエラーになりちょっとハマりました。。